91精品国产手机在线-白筒袜嫩萝双腿之间乳白液体-青青操手机在线视频观看-日本中文字幕人妻日韩-日韩精品在线观看视频网站-天堂资源中文最新版在线一区-欧美专区一区二区三区-国产综合亚洲欧美在线-国产精品久久久久久福利69堂

  1. 首頁 > 健康養(yǎng)生 >

太秀了！這個10分+外顯子生信套路，教你平平無奇中彎道超車( 二 )



（1）“挑”——差異分析

接下來 ， 直接步入正題 ， 直接探討腫瘤樣本和正常樣本中的突變差異 。 所有樣本中顯示了4275個體細(xì)胞外顯子突變 ， 包括3717個錯義 ， 327個無義 ， 1607個沉默 ， 75個剪接位點 ， 95個移碼插入和缺失(indel)和61個框內(nèi)indel 。 在PSCC樣本中發(fā)現(xiàn)的全套核苷酸變異體在S2補(bǔ)充表中有描述 。 在PSCC發(fā)現(xiàn)的30種最常見的外顯子突變在圖1A的癌胚抗原表中有描述 。 患者的腫瘤突變負(fù)荷(TMB)是通過將單核苷酸變異體的總數(shù)(SNV)除以WEX測序覆蓋的基因組數(shù)量(~64兆堿基)來確定的 。 兩個病人(14T和27T)被歸類為超突變型(圖1B) 。 突變間距離的分析通過僅在這兩個樣品中鑒定超突變基因座的區(qū)域(平均距離小于或等于1000個堿基對的6個連續(xù)突變)進(jìn)一步證實了這種分類(圖1C) 。


太秀了！這個10分+外顯子生信套路，教你平平無奇中彎道超車
本文插圖



(圖1A-C)

（2）“圈”——富集分析

在通路相關(guān)的分析中 ， Notch途徑在PSCC樣本中受影響最頻繁 ， 其中70.6%的樣本(n=24)在17個缺口基因中的至少一個基因中有突變 ， 包括Notch 1 (n=15 ， 44.1%)、EP300 (n=5 ， 14.7%)和FBXW7 (n=5 ， 14.7%)(圖1D) 。

太秀了！這個10分+外顯子生信套路，教你平平無奇中彎道超車
本文插圖


(圖1D)

其他高度受影響的途徑是:20例(58.8%)患者中有17個突變基因的Hippo 途徑 ， 其中12例(35.3%)出現(xiàn)FAT1突變；16例患者中有22個突變基因 ， 占47.1% ， 其中HRAS突變3例(8.8%) ， NF1突變3例；15例患者中僅有3個突變基因的p53通路(44.1%) ， 但其中12例(35.3%)有TP53突變；PI3K、細(xì)胞周期和Wnt途徑在11例(32.3%)患者中發(fā)生突變 ， PIK3CA、CDKN2A (n=10 ， 29.4%)和CHD8 (n=3 ， 8.8%)突變分別是每種途徑中最常見的 。 Nrf2 (n=4 ， 11.7%)、TGF-β (n=3 ， 8.8%)和MYC (n=3 ， 8.8%)在PSCC樣本中的富集度較低 ， 在2個以上的樣本中沒有基因突變 。

接下來作者將突變進(jìn)行富集分析 ， 發(fā)現(xiàn)PIK3CA和CDKN2A的突變在特定的蛋白位點顯著富集 ， 表明這些可能是PSCC的潛在驅(qū)動突變(圖S2) 。 PIK3CA突變p.E545K/G、E542K和E453K都被OncoKB認(rèn)為是功能增益致癌突變 ， 而CDKN2A突變p.R80X、p.E88X、p . G65fs、p.D108G和p.R115fs被歸類為潛在的功能喪失和致癌因素 。


太秀了！這個10分+外顯子生信套路，教你平平無奇中彎道超車
本文插圖



(圖S2)

作者根據(jù)5’端和3’端堿基的單堿基替換頻率 ， 對每個患者的突變模式進(jìn)行了評估 ， 對96種不同的突變類型進(jìn)行了分類 。 通過執(zhí)行共基因分析 ， 在PSCC樣本中確定了兩種不同的突變模式 ， 作者稱之為突變模式1 (MP1)和2 (MP2)(圖2A和2B) 。 圖2C描述了每個樣品中這兩種突變模式的每一種的富集 。 MP1在9個PSCC樣本中最普遍 ， 而MP2在其他25個病例中更普遍 。 然后將這些突變模式與來自宇宙數(shù)據(jù)庫的已知癌癥突變特征進(jìn)行比較 。 然后 ， 作者在COSMIC數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行驗證 ， 找到這些特征之間最接近的匹配(圖2D) 。


太秀了！這個10分+外顯子生信套路，教你平平無奇中彎道超車
本文插圖



(圖2A-D)

3
“聯(lián)”——聯(lián)系臨床病理

上述突變分析已經(jīng)做完了 ， 并找到了潛在的通路 ， 下一步作者就是要分析“病因”——HPV病毒 。 作者接下來對每例樣本都進(jìn)行了個性化的分析 ， 通過分析從上述突變分析及富集的潛在通路的結(jié)果相對比 ， 以找到患病的確切病因 。

p16免疫高表達(dá)是臨床認(rèn)可的宮頸和口咽部腫瘤HPV感染的替代標(biāo)志物 。 雖然在大多數(shù)PSCC病例中HPV檢測和p16染色相關(guān) ， 但是在2個樣品(17T和2T)中通過HPV聚合酶鏈反應(yīng)檢測到HPV ， 但是IHC檢測為p16陰性 。 對于這樣的情況 ， 作者分析認(rèn)為是檢測到無意義CDKN2A突變 ， 這可以解釋p16免疫表達(dá)的缺失 。

然而 ， 病例17T顯示了TP53和CASP8突變 ， 這在TCGA數(shù)據(jù)庫的HPV陽性腫瘤中是罕見的 。 這兩個病例是否是由于HPV引起的尚不清楚 。 HPV檢測與ARPP21、CMYA5和RPGRIP1基因突變顯著相關(guān)(所有突變患者均為HPV+ ， p = 0.004 ， p = 0.020 ， p = 0.020) 。 P53途徑基因(TP53和CHECK2)僅在2例(20%) HPV陽性病例中發(fā)生突變 ， 而一半以上(n=13 ， 54.2%)HPV陰性病例在其中一個基因中發(fā)生突變(p=0.128) 。 在HPV陽性的PSCC人群中 ， 無Nrf2途徑基因突變 。 p16免疫表達(dá)與CSPG4和TP53顯著相關(guān) 。 P53通路基因影響14例p16陰性腫瘤(53.8%) ， 但只有1例(12.5%) p16陽性(p=0.053) 。 p16陽性腫瘤中未檢測到Nrf2途徑突變 。 20% (n=3)的p53通路突變患者出現(xiàn)局部復(fù)發(fā) ， 而在沒有p53通路突變的患者中未檢測到LR 。 事實上 ， 所有局部復(fù)發(fā)病例都發(fā)生在TP53突變患者中 。 雖然局部復(fù)發(fā)的發(fā)生率很低(n=3) ， 但這些患者中有2例(66.7%)為TGF-β途徑突變 ， 且均有Notch途徑突變 。

推薦閱讀