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太秀了！這個10分+外顯子生信套路，教你平平無奇中彎道超車


領(lǐng)略高端套路 ， 發(fā)表高分文章！

小伙伴們大家好 ， 我是菠小蘿 。 這里是菠小蘿的高分生信SCI解讀專欄 。 今天帶給大家的是一篇全外顯子測序的生信分析套路 ， 于2021年1月發(fā)表在《Clin Cancer Res》上 ， 題目是“Whole Exome Sequencing in Penile Squamous Cell Carcinoma Uncovers Novel Prognostic Categorization and Drug Targets with Similarity to Head and Neck Squamous Cell Carcinoma” 。 感謝作者提供了很好的學(xué)習(xí)典范！

期刊簡介

太秀了！這個10分+外顯子生信套路，教你平平無奇中彎道超車
本文插圖



“挑圈聯(lián)靠”題目要素拆解
疾病：Head and Neck Squamous Cell Carcinoma；
目的基因：未涉及；
數(shù)據(jù)來源：全外顯子測序；
機制：未涉及；
研究目的（文章類型）：新型預(yù)后分類和藥物靶點類型文章 。
知識背景
本篇范文研究了一個較為罕見的癌種——陰莖鱗狀細胞癌(PSCC)在美國每年約有2000例新發(fā)病例和400例死亡 。 而在全世界發(fā)展中國家 ， PSCC的發(fā)病率明顯較高 。 這個癌種也涉及到了人類乳頭瘤病毒(HPV) ， 為全球約30-50% PSCC病例的病因 。 目前對局部晚期PSCC病的治療方法是以鉑類為基礎(chǔ)的化療 ， 輔以手術(shù)鞏固 。 但大多數(shù)患者會出現(xiàn)疾病進展或復(fù)發(fā) 。 一線化療后復(fù)發(fā)的PSCC生存率較差 ， mOS大約為5個月 ， 治療方案非常有限 。 因此 ， 確定與PSCC復(fù)發(fā)、進展相關(guān)的分子靶點和潛在的藥物開發(fā)非常重要 。 目前關(guān)于PSCC基因組景觀受到小樣本量 ， 有限的HPV陽性病例以及異質(zhì)分子檢測方法等諸多限制 ， 無法提供很好的證據(jù) 。 先前的研究發(fā)現(xiàn)這種罕見的癌的兩種不同途徑 ， 一種是與人乳頭狀瘤病毒相關(guān)的 ， 另一種是不與其相關(guān)的 。 此外 ， 在復(fù)發(fā)性PSCC中中只有少數(shù)如Tp53、CDKN2A和PIK3C已知的腫瘤抑制基因的點突變被報道 。 作者由此出發(fā) ， 通過生信挖掘?qū)ζ渖飳W(xué)進行更深入的了解 。 并且通過查閱相關(guān)研究報道得知 ， 其他研究已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了來自不同解剖部位的鱗狀細胞癌之間分子趨同的有力證據(jù) ， 但是這還沒有在PSCC進行探索 。 由此 ， 在這項研究中作者進行了迄今為止最大的相關(guān)全基因組分析 ， 以探索這種罕見癌癥的遺傳學(xué) 。
數(shù)據(jù)來源 & 思路框架
作者在這項研究中選擇了從德克薩斯大學(xué)醫(yī)學(xué)博士安德森癌癥中心(UT MDACC)組織庫中前瞻性收集的34對PSCC和匹配的正常陰莖組織樣本作為PSCC隊列 。 并且其中大多數(shù)腫瘤是在接受化療(9/10)之前收集的 。 然后就是免疫組化評估HPV狀態(tài) 。 接下來 ， 作者對PSCC全外顯子組進行分析 ， 通過評估每條染色體中的事件間距離來評估超突變基因組區(qū)域 。 基因組區(qū)域顯示6個或更多連續(xù)事件 ， 平均突變間距離為1000個堿基對 ， 被認為是超突變 。 作者還評估了10種致癌信號通路 ， 包括RTK/RAS通路；Wnt通路；Notch通路；Hippo通路；PI3K途徑；細胞周期途徑；Myc途徑；TGF-β途徑；p53途徑；和Nrf2途徑)在作者的PSCC樣本中的表達 。 隨后 ， 通過基因-藥物互作數(shù)據(jù)庫——DGIdb數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)來進行基因和藥性的評估 。 這項研究確定了新的藥物靶點 ， 以及PSCC和HNSC突變特征的相似性 ， 具有潛在的臨床意義 。

對于陰莖鱗狀細胞癌(PSCC)這種罕見的致命癌癥 ， 尋找新的分子靶點用于改善患者預(yù)后的預(yù)測及確定新的治療靶點都是非常有必要的 。 并且相對于常見的癌癥來說 ， 這種小癌種研究的更少 ， 是生物信息學(xué)發(fā)揮專長的絕佳方向呀！且與大多數(shù)常規(guī)生信文章思路不同的是 ， 本篇范文目的在于評估PSCC和其他鱗狀細胞腫瘤之間的相似性 ， 用生信探索小癌種 ， 去往常規(guī)癌癥病理類型的大方向上靠 ， 真的可謂是一種非常不錯的創(chuàng)新思路！因此 ， 這也是菠小蘿為大家力薦這篇范文的原因呢~言歸正傳 ， 本篇范文中作者介紹了如何將PSCC與頭頸部鱗狀細胞癌(HNSC)相聯(lián)系 ， 并在分子和組織學(xué)上探索相似性 ， 特別是涉及Notch途徑 ， 這表明來自更大的HNSC患者群體的臨床發(fā)展可能有助于加快向PSCC人群的轉(zhuǎn)化 。 于是 ， 作者將PSCC與其他鱗狀細胞相比較 ， 為PSCC具有預(yù)后意義的不同分子亞型在HNSC最為相似提供了新的證據(jù) ， 并為研究PSCC的分子靶向策略提供了基礎(chǔ) ， 并表明在PSCC和HNSC使用分子特異性試驗進行藥物開發(fā)研究的潛力 。

數(shù)據(jù)精析
1
PSCC隊列

首先 ， 作者對34個未經(jīng)處理的原始PSCC標(biāo)本和相應(yīng)的匹配正常陰莖組織樣本進行全外顯子組測序 。 并描述了這些患者的基本信息及臨床特征 。

2
PSCC的體細胞突變景觀和豐富的突變模式

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