毒餌處理前先要進行鼠情調查，將全城的探井隨機抽查10-20%，時間最好在一場大雨之后2-3周內，大雨會將探井中的舊鼠跡沖走，留下的都是新近鼠類活動的痕跡 。主要需要查看鼠糞、爪印，有時也能看到鼠類出沒活動，若出現可疑的痕跡時，可在探井中投放些食餌，2-3天后檢查消耗情況，以判斷鼠情，然后將發現的鼠情在地圖上標出，對鼠患做出判斷，確定投毒餌的方案 。
下水道主要是采用毒餌滅鼠 。毒餌投放在探井內四周的邊緣干燥的地方，也可以使用特制的毒餌盒（用木板或鐵皮做成長方形的小盒，其大小視探井的直徑而定） 。
將毒餌盒掛在探井的墻上，從盒子上吊一條粗繩于下水道中，鼠類會順繩索攀到毒餌盒中取食毒餌 。下水道中很濕熱，毒餌容易霉爛，可以采用蠟塊毒餌，最好將這種毒餌鑄成200-300克的大塊，用鐵絲固定在探井內，防止被水沖走 。
采用顆粒毒餌時，每隔2天要檢查補充1次，直到毒餌停止消耗為止，蠟塊毒餌1周檢查1次即可 。抗凝血劑是首選的滅鼠劑，常用的有殺鼠迷、敵鼠納鹽、氯敵鼠和溴敵隆等 。油溶性的氯敵鼠母液可以粘附在新鮮的胡多卜和地瓜塊上，也有防水作用，很適于下水道滅鼠 。
【下水道的老鼠，有的城市下水道老鼠泛濫成災怎么辦呢】據調查，100米長的下水道一般約可容納20只鼠，也就是說每100米長的下水道中的廢棄物足以養活20只鼠，超過此限即迫使鼠類向地面建筑物內遷移，一次有效的滅鼠后通常半年內不會有鼠向地面遷移 。
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