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去除綠斑藻的時候，可以在草缸中養殖一些斑馬螺 。斑馬螺是一種能夠清理綠斑藻的食藻生物，以綠斑藻為食，還不會對草缸中的生態環境造成破壞 。
綠斑藻是直徑小于0.5mm的綠色斑點狀藻類，喜愛較強的照明燈光，通常附著在光線較強的水族缸玻璃面或者成長緩慢的水草上面 。而且草缸中的CO2或者磷酸偏低的時候，是綠斑藻最適宜的生長環境 。而且綠斑藻質地很堅硬，常見的食藻魚難以安全將其清除 。
綠斑藻的浮生能力很強，一旦附著在草缸的玻璃內壁上，手動擦拭都很難將其清除，而且綠斑藻對一般的除草劑還有一定的免疫作用，使得清除綠斑藻的工作十分困難 。
在清除綠斑藻的時候，內壁上的綠斑藻可以用刮卡或者硬卡片將其刮除，將長有綠斑藻的葉片整個剪下，以防止綠斑藻附生在其他葉片上 。同時，在去除綠斑藻的時候，減少草缸的照明，并停止向草缸內施肥，這樣就可以有效清除草缸中的綠斑藻 。
在日常養殖草缸的時候，需要提前預防綠斑藻 。保持草缸內的磷酸含量超過 1 ppm 以上，就可以有效預防綠斑藻 。
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